لاتوجد أمراض خاصة بالبط المسكوفي ولكنه عرضه للإصابة بالأمراض التي تصيب البط أو الطيور المائية بصفة عامة ..
ويمكن تقسيم الأمراض الشائعة في البط كما يلي:
(1) أمراض النقص الغذائي

وتعني الأمراض الناتجة عن نقص مركب أو عنصر غذائي مثل نقص البروتين أو نقص فيتامين معين أو ملح معدني .. وهي أمراض تؤدي بصفة عامة إلي تأخر في النمو وضعف عام وإفرازات (دمعية أو فمية أو شرجية وفقدان شهية وكسل وإنخفاض في الإنتاج والخصوبة.. وهناك أعراض أخري خاصة بكل حالة من حالات النقص الغذائي لايتسع المجال لذكرها جميعاُ. وعموماً فإن إتزان العلف غذائياً مع دعمه بالفيتامينات والأملاح المعدنية وإضافة مواد العلف الخضراء يساعد علي تلافي (وعلاج) أمراض نقص الغذاء.
(ب) عادات مرضية شائعة

ويقصد بها العادات المرضية التي تنشأ بسبب سوء الرعاية أو تغيير حاد في الظروف الجوية المحيطة مثل ارتفاع الحرارة أو شدةالإضاءة أو زيادة كثافة الطيور أو عدم إتزان العليقة وعدم توفر أعلاف خشنة أو خضراء أو التحلل البكتيري لمكونات العلف أو عدم الإهتمام بالأرضيات والفرشة, كل هذه الأمور تؤدي إلي الإصابة ببعض العادات المرضية مثل الإفتراس وأكل الريش والتسمم الغذائي وتقرحات الأرجل والبطن والإنزلاق الوتري (الأرجل العرجاء) والتسمم بالأدوية (إستخدام أدوية بكثرة وبدون داعي), وهذه الأمراضبصفة عامة تؤثر علي الأداء الإنتاجي للقطيع وتقلل الناتج النهائي سواء لحماً أو بيضاً أو كتاكيت, وعموماً فإن الرعاية الجيدة والإهتمام بدرجة الحرارة والتهوية والفرشة والإضاءة والتغذية (عوامل الرعاية المختلفة) مع النظافة والتطهير بصفة مستمرة يساعد علي تلافي الإصابة بأمراض سوء الرعاية.
(ج) أمراض البط المعدية

وهي الأمراض التي تسببها فيروسات أو بكتريا مرضية وتنتقل العدوي فيها من الأفراد المريضة إلي الأفراد السليمة مالم يتم العزل والعلاج بسرعة, وهذه الأمراض تحتاج إلي مربين ذوي خبرة للتعامل معها أو لطبيب بيطري متمرس للتعرف علي المرض وعمل الصفة التشريحية ووصف العلاج اللازم .
وتنحصر أهم أمراض البط فيما يلي:
1 - إلتهاب الكبد الفيروسي:

السبب:
نوع من الفيروس الذي يصيب الكبد في البط وهو مرض معدي, وتنتقل العدوي عن طريق الغذاء الملوث بالفيروس القادم من زرق بط مصاب وذلك بأحد طرق العدوي المعروفة.
الأعراض:
فقدان شهية وكسل وخمول ويصبح لون المنقار أرجوانياً محتقناً والزرق مائي أخضر اللون ويموت البط خلال نصف ساعة من بداية ظهور الأعراض عليه لذا يجب سرعة إكتشاف المرض والعلاج.
الصفة التشريحية:
تضخم في الكبد ووجود بقع نزفية علي سطحه وتغير لونه إلي اللون الأحمر أو البرتقالي مع تضخم وإحتقان الكلي.
الوقاية والعلاج:
يحصن القطيع باللقاح الخاص بالمرض علي عمر 12 - 14 أسبوعاً ثم بجرعة أخري منشطة علي عمر 16 - 18 أسبوعاً, وتنتقل المناعة المكتسبة من الأمهات إلي الكتاكيت حديثة الفقس, وقد وجد أن استخدام السيرم المحتوي علي الأجسام المناعية عند حقنه في بداية الإصابة يترتب عليه تحسن الحالة وتقليل النفوق.
2 - طاعون البط:

السبب
نوع من الفيروس الذي يصيب الأمعاء وتتنقله الطيور البرية من جثث الأفراد النافقة إلي الأفراد السليمة, كما ينتقل عن طريق المجاري المائية الملوثة أو العلف الملوث.
الاعراض:
تدلي الأجنحة وفقدان القدرة علي الحركة مع فقدان شهية وإسهال مائي يبلل منطقة المجمع وإفرازات في العين والأنف ونفوق وهو يسبب خسارة كبيرة في القطيع علي جميع الأعمار ما لم يتم العزل والعلاج بسرعة.
الصفة التشريحية:
إلتهاب شديد في الأمعاء.
الوقاية والعلاج:
يحقن القطيع باللقاح الخاص بالمرض لحمايته من الإصابة.
كما يعتبر التحصين إجراء أعلاجياً في حالة ظهور الأعراض المرضية وتشخيص الإصابة.
3 - الكوليرا:

السبب:
نوع من البكتيريا يسمي الباستيريلا وينتقل من مزارع البط والأوز والدجاج الموجودة بالمنطقة وبها إصابة وذلك بإحدي طرق نقل العدوي وأهمها الغذاء أو الماء الملوث, وتزيد الإصابة عند التربية علي مياه راكدة حيث تنتقل الإصابة لجميع الطيور التي تشرب من هذا الماء.
الأعراض:
فقدان شهية للغذاء والماء وعطش شديد مع ارتفاع في درجة حرارة الجسم وحدوث نفوق فجائي وقد يشاهد إسهال مخاطي أخضر اللون يحتوي علي أعداد كبيرة من البكتيريا التي تنتقل بدورها إلي الغذاء والماء عن طريق المخالطة والإتصال المباشر.
الصفة التشريحية:
لاتوجد أعراض تشريحية واضحة ولكن المربي ذو الخبرة أو الطبيب البيطري المتمرس يمكنه ملاحظة نقط ذات لون رمادي مصفر علي الكبد كما تشاهد نقط نزفية علي الغشاء المخاطي المبطن للقصبة الهوائية وتجويف البطن والأمعاء, وقد تتواجد مواد متجبنة في تجويف الأنف وأعلي الجهاز التنفسي, وإحتقان المبايض.
الوقاية والعلاج:
للوقاية يحقن القطيع بلقاح الكوليرا مع الوضع في الإعتبار أن المناعة الناتجة من الحقن لاتستمر لفترة طويلة, وعند إكتشاف الإصابة بالمرض يحقن القطيع بأحد المضادات الحيوية مثل: الأستربتو مايسين أو الأوكسيتتراسيكلين أو غيره.